Los microorganismos contenidos en EMAgro participan activamente en el ciclo de nutrientes, descomponiendo materia orgánica y liberando nutrientes esenciales como nitrógeno y fósforo en formas disponibles para las plantas. Cuando no hay una fuente de nitrógeno orgánico en el sistema, las bacterias heterótrofas utilizan amoníaco y lo descomponen en compuestos menos dañinos que no son de putrefacción.